S'il est impossible de dater la fondation du village d'Arcangues (Arrangoitze en basque), on sait que le village possédait plusieurs maisons fortes dès 1150. C'est à cette époque que sont mentionnés pour la première fois les "Seigneurs d'Arcangues" dans divers documents officiels.
Il reste très peu de traces écrites sur les années suivantes, mais plusieurs allusions dans des pièces d'autres villes témoignent qu'Arcangues à souffert des pillages perpétrés par les routiers Castellans pendant les années 1438 et 1447 (en pleine guerre de Cent Ans).
En 1517, le village est durement touché par la grande épidémie de peste qui ravage toute la région. S'ensuit une période relativement calme et, en 1614, la charge de procureur du roi est confiée à Laurent d'Arcangues. Sa fonction était d'appliquer les ordres du roi et du parlement dans le pays. Cette charge fut ensuite transmise à son fils, Jean d'Arcangues.
C'est alors la guerre de trente ans (1635-1665) entre la France et l'Espagne. Un moment difficile pour le village lorsque l'armée d'Espagne envahit le pays et marche vers Bayonne. De nombreux habitants fuient alors leurs maisons et délaissent biens et récoltes.
En 1653 éclate une guerre civile entre Sabelchourris et Sabelgorris. Il s'agit en fait d'un conflit entre deux puissantes familles du Labourd, celle des Seigneurs d'Urtubie (soutenue par le roi) et celle des Seigneurs de Saint Pée (soutenue par le parlement établit à Bordeaux). Le château d'Arcangues est pillé lors de ces affrontements, qui s'arrêtèrent finalement en 1660 suite à un arrêté du roi.

Les habitants du village connaissent alors une période tranquille jusqu'à la Révolution Française, qu'ils supportent avec un certain enthousiasme. En 1794, la sombre période de la terreur voit le vote d'un décret qui réunit trois communes (Arcangues, Bassussary et Arbonne) en une seule sous le nom de Constante. Et surtout l'instauration d'une politique de dechristinisation. A cet égard, le curé d'Arcangues refusa, à l'instar de nombreux autres, de prêter le serment de fidélité "à la Nation, à la Loi et au Roi". Il fut alors contraint à se réfugier en Espagne. Les objets précieux de l'église furent peu après enlevés, y compris les trois cloches.
En 1795, avec la fin de la terreur, le culte fut à nouveau autorisé.

En 1793, une nouvelle guerre est déclarée avec l'Espagne. Arcangues ne fut pas directement touché, mais participa à l'effort de guerre.
En 1806, Napoléon Ier aurait passé une nuit au Château d'Arcangues, bien que les documents officiels en attestant soient assez confus sur la date exacte de ce passage...
En 1813, Arcangues est envahit par les troupes alliées (anglo-hispano-portuguaises). Paradoxalement, ce sont les troupes françaises en déroute qui causeront le plus de dommages par leurs pillages.
Afin de mieux superviser les engagements, le général Wellington qui menait l'armée ennemie, s'installa au château d'Arcangues et y resta plusieurs semaines. De l'avis de ses hôtes, il fut un "invité" des plus courtois ! De violents combats se déroulèrent alors à Arcangues et aux alentours, jusqu'à la victoire finale de Wellington qui força la retraite des troupes Françaises en 1814. Napoléon Bonaparte abdiquera un peu après, le 6 avril 1814.

De nombreux habitants d'Arcangues périrent pendant la guerre de 1914-1918 (plus de 50 habitants furent tués, ce qui est considérable pour un village de cette taille).
En 1936, la guerre civile d'Espagne amena certaines familles à franchir la frontière et se réfugier en France. Quelques familles s'installèrent ainsi définitivement à Arcangues.
La guerre mondiale de 1939-1945 fut relativement moins meurtrière que la précédente, et on relève 5 morts du village durant ce conflit. Au début de la guerre, Arcangues accueillit un certain nombre de familles juives ou d'origine étrangère qui fuyaient la guerre. Heureusement, toutes ces familles purent être évacuées avant l'entrée des troupes allemandes dans le village le 1er juillet 1940.

D'après-guerre à nos jours, Arcangues a vu la construction de plusieurs bâtiments importants, un théâtre en 1967, un trinquet en 1986 et plus récemment un golf qui jouxte le village.

En 1970, Luis Mariano, ami de Pierre d'Arcangues, fut enterré conformément à ses souhaits dans le cimetière du village. On peut y voir la sépulture du célèbre ténor basque, ornée d'une stèle très simple et toujours fleurie.