Les français et les espagnols, souvent associés à cette époque, firent plusieurs tentatives pour prendre l'Aquitaine aux anglais. Ce fut notamment le cas en 1377 et en 1419, lorsque les castillans envahirent le Labourd. Mais ces deux incursions furent stoppées par les murs de Bayonne.

Malheureusement, Saint-Jean-de-Luz fut durement pillée à chaque passage de ces armées, et son église sera brûlée.

A cette époque, les marins de la ville pêchent principalement la morue, pour la saler ou en tirer son huile.

En 1453, la bataille de Castillon mit un terme définitif à la guerre de 100 ans et à la présence anglaise en Aquitaine. La province du Labourd est alors rattachée à la France, avec Bayonne pour capitale.
Cette date marque aussi la fin des principales bandes de routiers. Ces pillards qui écumèrent le Labourd étaient souvent d'anciens soldats des armées castillanes et françaises.

Les années suivantes ne virent pas de conflit majeur, et la ville de Saint-Jean-du-Luz profita de cette accalmie pour se reconstruire. Citons en 1463 une rencontre entre Louis XI et le roi de Castille au château d'Urtubie (à 3 km du centre de la ville), à propos de la guerre civile en Navarre. A cette occasion, le souverain français, sensible aux dégâts subis par la ville, accorda quelques privilèges sous forme d'exemption de taxes.

Les débuts de ce XVIe siècle sont assez mouvementés. Dès 1512, les castillans, alliés aux anglais, règlent leurs comptes avec le royaume de Navarre (alors allié aux français). Pour faire bonne mesure, ils envahissent aussi le Labourd en passant par Saint-Jean-de-Luz, mais sont (encore une fois...) arrêtés à Bayonne. Le conflit s'achèvera l'année suivante par un traité signé au château d'Urtubie.

Les années noires se suivent alors. La ville subit une terrible peste pendant les années 1515 à 1519. Quelques années après, la guerre est rallumée entre France et Espagne et la ville doit accueillir les garnisons françaises. Celles-ci, en 1521, connaissent plusieurs succès et s'emparrent de Fontarrabie. Mais la réaction ibérique ne se fait pas attendre, et en 1523 les troupes espagnoles envahissent le Labourd, pillent Ciboure et Saint Jean de Luz (en brûlant quelques maisons pour parfaire le tableau...) avant de capturer François Ier, roi de France, lors de la bataille de Pavie en 1525.

Mais ne nous inquiétons pas trop pour le malheureux monarque. Après de longues tractations, il fut convenu que le prix de sa libération serait d'un million deux cent milles écus, complétés par la province de Bourgogne. Pour garantir le versement de cette rançon assez faramineuse (imaginez qu'une trentaine de chariots furent nécessaires pour le transport !), le roi fut échangé avec ses deux fils sur la Bidassoa, une petite île à la frontière de l'Espagne et de la France.
De retour vers Paris, François Ier s'arrêtera à Saint-Jean-de-Luz et y fêtera sa libération. Par la suite, le convoi, bien gardé, passera par la ville en direction des coffres espagnols.

Mais la trêve est de courte durée. De nouvelles guerres éclatent entre français et espagnols, entraînant comme à chaque fois son lot de malheurs. C'est le cas en 1542, mais surtout en 1558. La ville est pillée durant neuf longues journées. Les maisons sont détruites ou brûlées. Il ne restera de la cité que quelques ruines fumantes et les fondations de l'église. La paix fut signée un an plus tard, en 1559.

Il faut tout reconstruire. Charles IX et Catherine de Médicis séjournèrent en 1565 dans la ville et accordèrent des sommes importantes pour accélérer les travaux, surtout pour ce qui concernait l'activité maritime. La remise en état des quais venait en priorité.

Car, malgré ces drames, le port de Saint-Jean-de-Luz était de plus en plus actif. Chasse à la baleine et pêche à la morue occupant des milliers de personnes sur près d'une centaine de navires ou aux chantiers navals. Les campagnes de pêche entraînaient les marins jusqu'aux rivages de l'Islande ou du Canada (surtout à Terre-Neuve, certains fondant même quelques petits villages-refuges sur cette île).